ตามมติคณะรัฐมนตรี เมื่อปี พ.ศ. 2537 ได้อนุมัติให้กรมการศึกษานอกโรงเรียน ในสมัยนั้น ปัจจุบันคือ สำนักงานส่งเสริมการศึกษานอกระบบและการศึกษาตามอัธยาศัย ขยายเครือข่ายศูนย์วิทยาศาสตร์เพื่อการศึกษาไปสู่ส่วนภูมิภาคให้ครบทุกเขตการศึกษาทั้ง 12 เขต เพื่อให้เป็นแหล่งเรียนรู้ด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี

     เขตการศึกษา 9 กรมการศึกษานอกโรงเรียน ได้อนุมัติให้จัดสร้างศูนย์วิทยาศาสตร์เพื่อการศึกษาขึ้นที่จังหวัดขอนแก่น โดยใช้สถานที่ก่อสร้างที่บริเวณพื้นที่สาธารณประโยชน์  ติดถนนมิตรภาพ กม.ที่ 44-45 ในเขตเทศบาลเมืองบ้านไผ่ อำเภอบ้านไผ่ จังหวัดขอนแก่น  บนเนื้อที่ 51 ไร่ 3 งาน 99.6 ตารางวา ประกอบพิธีวางศิลาฤกษ์อาคารหลักแรก เมื่อวันที่  28 พฤษภาคม 2540 ได้รับประกาศจัดตั้งเป็นสถานศึกษาสังกัดกรมการศึกษานอกโรงเรียน  เมื่อวันที่ 27 มิถุนายน 2540 และเปิดให้บริการอย่างเป็นทางการ เมื่อวันที่ 10 มีนาคม  2542 เป็นต้นมา

     ปัจจุบันศูนย์วิทยาศาสตร์เพื่อการศึกษาขอนแก่น เป็นสถานศึกษาส่วนกลาง สังกัดสำนักงานส่งเสริมการศึกษานอกระบบและการศึกษาตามอัธยาศัย สำนักงานปลัดกระทรวงศึกษาธิการ